Generalny Sekretariat ds. Misji jest pomocniczym organem dla Zarządu Generalnego. Zadaniem Sekretariatu koordynowanie i wspieranie pracy Stowarzyszenia na terenach misyjnych. Sekretariat pełni także funkcję zwornika pomiędzy pallotyńskimi jednostkami administracyjnymi, które istnieją na terenach misyjnych i tymi, które działają w innych krajach. W odniesieniu do tych drugich Sekretariat stara się budzić świadomość odpowiedzialności na głoszenie Ewangelii na całym świecie. W każdym z tych krajów istnieje Prowincjalny Sekretariat ds. Misji, który działając w porozumieniu z Sekretariatem Generalnym prowadzi swoją działalność. Generalny Sekretariat ds. Misji przygotowuje raz na sześć lat Zjazd Sekretarzy Misyjnych, w czasie którego są wymieniane aktualne doświadczenia i podejmowane plany działania na przyszłość.